Программа Blastp на сервере http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST

Поиск белка PdxJ по фрагменту его аминокислотной последовательности

Поиск проводился по банку данных Swiss-Prot

	Последовательность 1 ( 30 а.к.о. из последовательности изучаемого белка )	Последовательность 1 ( 30 а.к.о. из последовательности изучаемого белка с тремя заменами )	Последовательность из 10 а.к.о.
Последовательность	MAELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAF	MAELTLGVNIAHIATTRNARGTAYPDPVQAAF	DEEQIKAAAE
Порядковый номер хита	1	1	1
Процент совпадающих остатков выравнивания	100%	90%	100%
вес выравнивания	65.5	54.3	22.7
E-value	3e-11	3e-09	162

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Отличие в значениях:

Отличие процента совпадающих остатков выравнивания обуславливается степенью изменения исходной аминокислотной последовательности. в первом случае последовательность являлась лишь частью последовательноти исходного, белка, в то время как вторая имеет три замены. Следовательно, при создании выравнивания в процессе работы программы Blastp выравнивание первой последовательности с полной последовательностью белка имела больший вес, а второй-меньший.

Является ли BLAST интреументом для поиска ортологов?

Очевидно, BLAST не является инструментом для посиска ортологов. Поиск по банку данных Swiss - Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis показал, что в числе первых двадцати записей, в названии присутствовало имя RbsR, а следовательно, те, кто мог являться ортологами, было найдено:

•  несколько белков из самого Bacillus subtilis с другими функциями ( не ортологи );

•  белки из других организмов, но также с иными функциями (не ортологи);

•  белки из других организмов с той же функцией, возможное ортологи нашего.

 

Таким образом, программа BLAST не распределяет последовательностей на возможные ортологи и неортологи введенной последовательности, следовательно для поиска ортологов данную программу использовать не выгодно.